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IOSSIMの公開ページ



IOSSIM (Insect Olfactory System Simulator) はスーパーコンピュータ『京』の開発に伴う、「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」(Islim)の一部として行われている「昆虫嗅覚系全脳シミュレーション」(プロジェクト/ソフトウェア)を指します。

IOSSIMの構成

IOSSIMは1つのデータベースと3つのソフトウェアからなります。
1.神経細胞データベース(Bombyx Neuron Database; BoND/IVBPF)
2.細胞形態抽出ソフトウェア(KNEWRiTE)
3.カイコガ標準脳作成ソフトウェア(NEUROREGISTER)
4.大規模神経回路シミュレータ (NEURON_K+)


        図1.IOSSIMの構成

■BoND/IVBPF
カイコガのニューロンの形態と生理応答が集積されているデータデースです。 2012年4月で1600以上のデータが集積されており、その一部がIVB-PFに公開されています。

■KNEWRiTE
PCベースの神経形態抽出ソフトウェアです。windows/linux 両対応で動きます。

ソースコード

■NEUROREGISTER

FIJIの上でニューロンのSWCで表された形態を標準脳にマップするプラグインです。

ソースコード

■NEURON_K+
「京コンピュータ」用にチューンされたNEURON.「京」上での最適化、シミュレーションを用いた生体パラメータ推定、SWCファイルを用いた効率的なシミュレーションのフレームワークの開発を進めています。

ソースコード 2012/05
ソースコード 2012/09


NEURON_K+のインストール方法

1. Uncompress NEURON_K+.
  > tar xvzf neuron_kplus_release[version].tar.gz

  > mv neuron_kplus_release[version].tar.gz neuron_kplus

2. Download original NEURON source codes and move.

  > wget http://www.neuron.yale.edu/ftp/neuron/versions/v7.2/nrn-7.2.tar.gz"
  >http://www.neuron.yale.edu/ftp/neuron/versions/v7.2/nrn-7.2.tar.gz%3C/a%3E%3Cbr />

  > tar xvzf nrn-7.2.tar.gz

  > mv nrn-7.2 neuron_kplus/nrn


3. Apply the patch to the NEURON.

  > cd neuron_kplus

  > patch -p0 < neuron_kplus_release[version].diff


4. Make MOD file compiler.

  > cd nrn

  > ../config_sh/config_mod_[machine].sh

  > make

  > make install


5. Make NEURON.

  > ../config_sh/config_nrn_[machine].sh

  > make

  > make install

ソースコードページ

+++カスタムmod を含むコンパイル

1. special (nrniv+追加mod(追加イオンチャネルモデル)の実行ファイル)の作成
1a) nocmodl(GCCによるmod>Cトランスレータ)のnrn/sparc64/binへのコピー
たとえば、
/home/group010/user0046/k+/v3/nrn/sparc64/bin

cp ../../x86_64/bin/nocmodl . 
1b) modファイルの準備
任意の場所で
tar –xvf mod.tar.gz

1c) コンパイル
mod内で
make_mod.sh
を実行
1d) 結果
mod/sparc64/Special」ができているはず

2.ジョブ実行

2a) 解凍
適当な場所で(一応ルートを想定)

tar xvf hocjobs.tar.gz
2b) スクリプト書き換え
cd hocjobs
nkjob.shの
パスを書き換え
2c) 実行
pjsub nkjob.sh


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